La politique de la ville participe de la lutte contre les inégalités sociales et territoriales de santé, en témoigne la généralisation des volets santé dans la génération actuelle des contrats de ville et l’arrivée de l’Agence régionale de santé parmi les signataires. Alors que la région était l’une des mieux pourvue en ASV, dans nombre de territoires le volet santé a été enrichi et développé avec les partenaires locaux pour évoluer en un contrat local de santé (CLS).
Depuis 2007, Labo Cités anime le Collectif santé, réseau des professionnels de santé en territoire politique de la ville (en particulier les coordinateurs des ASV et CLS). Et depuis 2017, Labo Cités anime le réseau régional des médiateurs en santé intervenant dans les quartiers prioritaires. Labo Cités est par ailleurs membre du conseil d’administration de l’association nationale Fabrique Territoires Santé.